کتاب «وحدت حوزه و دانشگاه» در سال 1390 توسط موسسه فرهنگی هنری «اشراق و عرفان» انتشار یافت. علی بخشی، تحقیق و نگارش این اثر را بر محور مصاحبه ها و سخنرانی های حجت الاسلام اعرافی با موضوع وحدت این دو نهاد علمی ـ حوزه و دانشگاه ـ بر عهده داشته است.
این کتاب چهار بخشی با مقدمه حجت الاسلام اعرافی آغاز می شود. بخش اول با محور «حوزه» شامل چهار فصل است: «تاریخ تطور حوزه های علمیه»، «ویژگی های تاریخی حوزه های شیعه»، «قوت ها و فرصت های حوزه در دوره معاصر» و «کاستی ها و چالش های حوزه در روزگار معاصر».
در بخش دوم، سیمایی کلی از «دانشگاه» در فصل هایی با عنوان «پیشینه، تعریف و عناصر دانشگاه»، «مزیت نظام آموزشی و پژوهش»، «رسالت و وظایف دانشگاه ها در ایران» و «اسلامی کردن دانشگاه ها» ارائه شده است.
دو بخش نخست این اثر، به مثابه مقدمه می ماند و با آغاز بخش سوم با عنوان «مواجهه حوزه و دانشگاه» به تنه اصلی کتاب وارد می شویم که محقق در آن به «تبار شناسی مواجهه»، «علوم انسانی محور مواجهه»، «امکان سنجی ارتباط بین علوم انسانی و معرفت دینی»، «تعاملات علوم انسانی و دین»، «رویکردها به علوم انسانی دینی یا علم دینی» و «مکانیزم سازگارسازی علوم انسانی با آموزه های اسلامی» می پردازد.
«وحدت یا جدایی» حوزه و دانشگاه در بخش چهارم مورد بررسی قرار گرفته است که فصل های آن عبارتند از: «تعریف، ضرورت و اهداف وحدت حوزه و دانشگاه»، «آسیب شناسی وحدت»، «راهبردها و راهکارهای وحدت»، «قلمروهای وحدت حوزه و دانشگاه»، «رویکردهای وحدت حوزه و دانشگاه»، «کامیابی و ناکامی های وحدت» و «منشور ارتباطی و تعاملی حوزه و دانشگاه».
چاپ اول کتاب « وحدت حوزه و دانشگاه» در 258 صفحه با شمارگان 2000 نسخه و بهای 40000 ریال توسط موسسه فرهنگی هنری «اشراق و عرفان» چاپ و روانه بازار شد.