اسماعیل علی خانی، در سال 1367 وارد حوزة علمیه شد و پس از گذراندن مقدمات، دروس سطح و خارج را از اساتیدی هم چون استاد محمدی خراسانی، استاد موسوی تهرانی، آیت الله مکارم شیرازی و آیت الله سبحانی فرا گرفت.
در سال 1374 وارد مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) شد و پس از گذراندن دورة عمومی، کارشناسی ارشد را با گرایش فلسفه دین و با ترجمة کتابی در باب «معنای زندگی» و نقد آن به عنوان پایان نامه، با امتیاز عالی طی کرد و در سال 1386 در مقطع دکتری، با گرایش ادیان و عرفان قبول شد و پس از گذراندن دوره، رسالة دکتری را با عنوان «حقیقت قرب به خدا در اسلام و مسیحیت»، با امتیاز عالی دفاع کرد.
با توجه به رشته فلسفه دین و نیز گرایش ادیان و عرفان و وابستگی آنها به زبان انگلیسی و نیز علاقه شخصی، به آموزش ترجمة زبان انگلیسی و در کنار آن مکالمه پرداخت، که حاصل آن ترجمة دو کتاب به صورت مشترک با یکی از دوستانش و یک کتاب مستقل و نیز چند مقاله است. مکالمة زبان انگلیسی را نیز، هم به صورت شخصی و هم در مراکز آموزش زبان ادامه داد.
در کنار تحصیل، به تدریس، تحقیق و تبلیغ نیز اشتغال داشته . اهم تدریس های وی در مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره)، جامعة المصطفی العالمیة، دانشگاه قم بوده است و دانشگاه های خارج از قم به صورت پراکنده، نظیر دانشگاه بیرجند، دانشگاه کردستان، دانشگاه فردوسی مشهد و ... و عمدة پژوهش ها در زمینه های ادیان، فلسفة دین و موضوعات عرفانی و بیشتر تبلیغ ها در دانشگاه ها، به مدت سیزده سال، از طریق نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاه ها بوده است. البته در کنار این امور به تدریس در قالب طرح هایی همچون طرح ولایت دانشجویی و دبیران و طرح ضیافت دانشجویی و اساتید و نیز سخنرانی های علمی و تخصصی در دانشگاه ها پرداخته است.
در طول دوران تحصیل، سه سفر علمی به خارج از کشور داشته است. در سال 1383، سفری هفده روزه به کشور هندوستان، برای بازدید از معابد، دانشگاه ها و نیز دیدار با سران ادیان. در سال 1388، سفری ده روزه به دو کشور سوریه و لبنان جهت دیدار با سران ادیان مسیحی. و نیز در سال 1389، سفری دو هفته ای به کشور ایتالیا و واتیکان، برای بازدید از مراکز دینی و دانشگاهی مسیحی و نیز ملاقات با سران مسیحیت. سفر به ایتالیا، علاوه بر بازدید از مراکز مذهبی و دانشگاهی، با گذراندن برخی از واحدهای درسی دکتری، نظیر «روش های تفسیری کتاب مقدس» و «دگماها»، به صورت فشرده و توسط اساتید آن کشور در دانشگاه های گری گورین و اوربیانو همراه بود.برخی از فعالیت های علمی اوی به شرح ذیل است:
1. کتاب:
- صف بندی سیاسی در قرآن, تهران, شرکت انتشارات علمی و فرهنگی, 1387.
- اخلاق مسیحی،ترجمة کتابThe Question of Christian Ethics, نوشتة رالف مکینرنی، قم, پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم, 1386.
- خودی و غیر خودی, تهران, مؤسسه فرهنگی دانش و اندیشه معاصر, 1381.
- ابن عربی, میراث دار انبیا, ترجمة کتاب Ibn Arabi, Hair to The Prophets, نوشته ویلیام چیتیک؛ شرکت انتشارات علمی و فرهنگی، 1392.
- معنای زندگی, ترجمة کتابOn The Meaning of Life، نوشته جان کاتینگهام و نگارش معنای زندگی از منظر اسلام، شرکت انتشارات علمی و فرهنگی، 1392.
2. مقاله
- «تحلیل معناشناختی «قرب الی الله» در قرآن کریم»، مجله علمی ـ پژوهشی قرآن شناخت، تابستان 89.
- «تحول وجودی انسان در عهد جدید»، پذیرفته شده در مجلة علمی ـ پژوهشی اندیشة دینی دانشگاه شیراز.
- «جریان شناسی جنبش های مهدوی»، مجلة علمی ـ تخصصی معرفت کلامی، شماره 3، پاییز 89.
- «اخلاق در آیین یهود»، مجله علمی ـ تخصصی معرفت اخلاقی، شماره 2، تابستان 89.
- «کیهان شناسی ذکر»، مجلة علمی ـ ترویجی معرفت، شماره 161، اردیبهشت 90.
- الهیات عرفانی قدیس بوناونتورا، مجلة علمی ـ تخصصی هفت آسمان، آبان 91.
- جایگاه مقربان خدا، مجلة علمی ـ تخصصی معرفت اخلاقی، آذر 91.
- الهیات سلبی، مجلة علمی ـ تخصصی معرفت کلامی، آذر 91.
- «دین در جامعه جهانی»نوشتة پیتر بایر (ترجمه), مجله علمی ـ ترویجی معرفت, شماره 111, اسفند 85.
- «هلیدگارد بینگن در یک نگاه», مجله علمی ـ ترویجی معرفت, شماره 101, اردیبهشت 85.
- «آشنایی با زیدیه», خردنامه همشهری, شماره 40, بهمن 1383.
- «صاحب شطحیات، (بایزید بسطامی)», خردنامه همشهری, شماره 69, مهر 1384.
3. رسالة ارشد و دکتری:
ارشد: ترجمه و نقد بخش دوم کتاب معنای زندگی، جولیان یانگ
دکتری: حقیقت قرب به خدا در اسلام و مسیحیت4. تدریس:
- شیعه شناسی, 6 واحد در سه ترم, جامعة المصطفی العالمیة, 1385 و 1386.
- آشنایی با ادیان بزرگ, 2 واحد, جامعة المصطفی العالمیة, 1387.
- آشنایی با ادیان بزرگ، 2 واحد، مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره)، 1389.
- فرق و مذاهب اسلامی, 6 واحد, مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ع), 1388 و 1389 و 1390.
- انسان شناسی, 2 واحد, مؤسسه آموزش عالی علوم انسانی (جامعة المصطفی العالمیة), 1388.
- زبان عمومی، 4 واحد، مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی، 1389.
- مبانی اندیشة سیاسی اسلام, 4 واحد, دانشگاه بین المللی امام خمینی قزوین, 1389.
- انسان شناسی، 4 واحد، دانشگاه قم، 91-1390.
- مبانی اندیشه اسلامی (3), طرح ولایت دانشجویی, 4 دوره، (22 واحد), تابستان 1385 و 1388 و 1389 و 1390.
- ________________, طرح ولایت دبیران, 4 دوره، (22 واحد), تابستان 1387 و 1388 و 1389 و 1390.
- مبانی اندیشة سیاسی اسلام، 4 واحد، طرح دانش افزایی اساتید دانشگاه، دانشگاه بیرجند، ماه رمضان 1391.
- علم و دین، 4 واحد، طرح دانش افزایی اساتید دانشگاه، دانشگاه کردستان، دهة محرم 1391.
- زبان تخصصی، 2 واحد، مرکز آموزش تخصصی فلسفة اسلامی، ترم دوم سال 1391-1392.
5. مشاوره پایان نامه
- «نقش دین در معنابخشی به زندگی انسان», کارشناسی ارشد، جامعة المصطفی العالمیة, 1388.
- «جایگاه مردم در حکومت اسلامی»، کارشناسی ارشد، جامعة الزهراء (س)، 1391.
6. ارائة مقاله برای همایش و نشست علمی
- «معنای زندگی در دنیای پست مدرن», نشست تخصصی «خدا و معنای زندگی», دانشگاه امام صادق (ع), 1385.
- «جریان شناسی جنبش های مهدوی»، همایش جریان شناسی اندیشه های کلامی معاصر (مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره))، 1390.
- قرب به خدا در اسلام و مسیحیت، نشست تخصصی، مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره)، 1390.
- تحول حقیقی انسان، نشست تخصصی، مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره)، 1391.
- معنای زندگی، نشست تخصصی، مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره)، 1391.
- تحلیل معناشناختی قرب به خدا در قرآن کریم، نشست تخصصی، مرکز فقهی ائمة اطهار، 1391.
7. موضوعات مربوط به حیطة تخصص
- ادیان ابراهیمی (یهودیت و مسیحیت)
- فرق و مذاهب
- مهدویت (آسیب شناسی مهدویت و مدعیان مهدویت)
- مبانی اندیشة سیاسی اسلام و ولایت فقیه
- علم و دین و علم دینی
- معنای زندگی
- بهائیت و وهابیت
- انسان شناسی
8. مسئولیت های اجرای:
سرپرست شعبه قم مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران 1392
