دشواری فهم مطالب نهایه الحکمه به این جهت است که سطح مسایل مورد بحث نهایه بالاتر از سطح بدایه است والا در اغلب موارد عبارات نهایه گویاتر است. به طوری که می توان از آن برای تبیین عبارات بدایه استفاده کرد.کتاب نهایه الحکمه پنج سال پس از بدایه الحکمه در سال 1395 هـ.ق به منظور تدریس فلسفه در حوزه های علمی نگارش یافته و هم اکنون این کتاب بسان بدایه الحکمه به عنوان متن درسی فلسفه معروف می باشد و نسبت به سایر متون فلسفی از مزایایی برخوردار است. ویژگی های کتاب:
اکتفا نمودن به اسلوب برهانی و پرهیز از به کاربردن مطالب شعری و ذوقی که برای یک متن فلسفی بسیار ضروری است. رعایت نظم منطقی در چینش مراحل و فصول به گونه ای که از مطالب پیشین، مطالب پسین را می توان استنتاج کرد. اهتمام به مسائل مهمتر و کلیدی و اجتناب از مباحث غیرلازم مانند طبیعیات. اجتناب از خلط میان علوم اعتباری با علوم حقیقی و اجتناب از بهره گیری از روش تجربه و حس در فلسفه نظری
کتاب نهایه الحکمه اثر سید محمدحسین طباطبایی از انتشارات مرکز مدیریت حوزه های علمیه منتشر شده است.