کتاب شهید مطهری سازمان مطلوب روحانیت، توسط علی باقری فر تدوین و تنظیم شده است و در انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی به چاپ رسیده است. کتاب شهید مطهری سازمان مطلوب روحانیت به نگاه شهید مطهری به موضوع روحانیه می پردازد و ساختار و کارکرد روحانیت را شرح می دهند.
من روحانیت را از لحاظ هستهی اصلی زندهترین دستگاهها میدانم ولی عقیده دارم که فقط غُل و زنجیرهایی به دست و پای این موجود زنده و فعال بسته شده و باید او را از قیدها و زنجیرها رها کرد. روحانیت ما درخت اصیل و با ارزش و زندهی آفتزده است که خودش را باید حفظ کرد و با آفاتش مبارزه کرد. اسلام منهای روحانیت یک تز استعماری است، هیچ چیز نمی تواند جانشین روحانیت ما شود. حاملان فرهنگ اصیل و عمیق و ذی قیمت اسلامی تنها در میان این گروه یافت می شوند؛ تقواها، ایمانها، معنویتها، اخلاصها و آن جوششها و جنبشها و فداکاری هایی که رمز اصلی بقاء ملت ما است تنها در این سرزمین مقدس سر می زند، من نه تنها اصلاح این دستگاه را واجب و لازم می شمارم و عملاً آن را مستبعد نمی دانم بلکه کاملاً نزدیک و قریبالوقوع می دانم. (مجموعه آثار استاد مطهری، ج24، ص 509-508، همراه با تلخیص.)