صدای گریه اش میان گفتگوهایی درباره ظلم ارباب ها، بی کفایتی شاه و حکم جهاد علمای نجف بلند شد و در درگاه خانه پیچید. نامش را در صفحات صحیفه سجادیه نوشتند و زندگش پربار میرزای شیرازی، آغاز شد. خیلی زود، در آستانه سه سالگی، پدرش را از دست داد و تربیتش بر عهده دایی اش، سید حسین، گذاشته شد. هوش سرشارش چیزی نبود که از چشم سیدحسین پنهان بماند و هم او بود که بانی تحصیلات زودهنگام و سفرهای میرزاحسن برای کسب علم و تلمذ نزد استادان بی شمار شد. سفرش به عراق و هفت سال تحصیل و اقامت در نجف از او عالمی بزرگ ساخت و مرجعیت تقلید شیعیان به او واگذاشته شد. حضور او در سامرا در زمانه اختلاف افکنی میان شیعه و سنی، نیروهای انگلیسی و روسی را به فکر انداخت که به بهانه ایجاد آشتی، درکشور حضور پیدا کنند. اما میرزا نمایندگان آن ها را در سامرا نپذیرفت و راه آن ها را برای دخالت در یک امر داخلی سدّ کرد و وقتی حضور نیروهای بیگانه در ایران منجر به کسب امتیازاتی برای آن ها شد، نامه های مراجع به میرزای شیرازی، او را از اوضاع درهم ایران آگاه ساخت و همین آگاهی موجب صدور حکم تاریخی تحریم تنباکو شد که عبدالله متولی گزارش دقیقی از آن را در «دشمن به زانو درآمد» آورده است.