تاکنون کتاب های عرفانی فراوانی در موضوع انسان کامل و ولایت او نوشته شده است، اما به جرأت می توان گفت هیچ کدام نتوانسته اند حقیقت خلافت و ولایت را - که از مشکل ترین و مهم ترین مسائل عرفانی است - به خوبی تحلیل و تفسیر نمایند. حضرت امام در این کتاب حقیقت خلافت و ولایت را با ذوق عرفانی چنان بیان کرده که با آیات و روایات و برهان های فلسفی کاملاً هماهنگ می باشد.
مصباح الهدایه دارای دو مشکات است، مشکات اول آن دارای 56 مصباح و مشکات دوم آن سه مصباح داشته که هر کدام دارای چند فصل بوده و از مشکل ترین آثار عرفانی امام(س) - که در سال 1349 ق به رشته تحریر درآورده اند - می باشد.