نویسنده این اثر را در سه قسمت به رشته تحریر درآورده است،
*قسمت اول مربوط به کلیات بوده و نگارنده مباحث کوتاهی درباره هدف آفرینش انسان، مفهوم عبادت، رابطه دعا و عبادت، دعا سیره انبیاء، آداب دعا، شرایط دعا، امام سجاد(ع) و دعا، و مناجات خمس عشر را مورد بحث و بررسی قرار داده است.
*قسمت دوم کتاب مربوط به مناجات اول با عنوان مناجات توبه کنندگان است و این قسمت از هشت بخش تشکیل شده است. بخش اول در مورد واژه های مرتبط با گناه در قرآن، آثار سوء گناه، لباس ذلت و خواری، مرگ دل و دور شدن از خدا، محرومیت از نماز شب، عدم استجابت دعا، سلب نعمت، کم شدن روزی و بخش دوم در مورد پذیرش توبه، آیات توبه نسبت به انسان، آیات توبه نسبت به خدا، معنی توبه، دعوت به توبه، چند نکته درباره توبه، موعظه و اندرز، تفاوت موعظه و حکمت، موعظه بودن قرآن و مواعظ پیامبر(ص) و خاندانش بررسی شده است. بخش سوم و بخش چهارم در مورد گناهان صغیره و کبیره، تمایز میان عفو و صفح، تکیه بر عفو الهی در روز قیامت و شهود و گواهان رستاخیز بحث شده است و نویسنده در بخش پنجم در مورد بندگی خدا برترین افتخار، در بخش ششم در مورد استغفار در قرآن و احادیث، پیامبر(ص) و استغفار و آثار معنوی و مادی استغفار، در بخش هفتم در مورد بازگشایی دری به سوی عفو خدا و در بخش هشتم در مورد منت و رحمت خداوند بحث کرده است.
*قسمت سوم کتاب مربوط به مناجات دوم با عنوان مناجات شکایت کنندگان است که مشتمل بر هفده بخش بوده و بخش اول در مورد نفس از دیدگاه قرآن، نفس از دیدگاه سنت، مراتب نفس و شکایت از نفس اماره نوشته شده است و بخش دوم در مورد امراض روحی و جسمی است. علیدوست خراسانی، نویسنده اثر در بخش سوم و چهارم درباره صفات نکوهیده انسان در قرآن و کم ظرفیتی انسان بحث کرده و در بخش پنجم و ششم در مورد معنای غفلت، غفلت در قرآن، آثار غفلت در احادیث و ادعیه، نتیجه غفلت، برخی از عوامل غفلت، راه رهایی از غفلت، عبرت و نمونه های عبرت سخن گفته است. در بخش هفتم در مورد تأخیر توبه، و چاره رهایی از گناه و در بخش هشتم در مورد دشمنی شیطان از دیدگاه آیات، دشمنی شیطان از دیدگاه روایات، نقشه های شیطان، وسوسه چیست، دعوت به گناه، تزئین کارهای ناپسند و تسویل بحث کرده است. بخش نهم به موضوع مذمت حب دنیا، بخش دهم در مورد مفهوم زلفی و واژه زلفی در نهج البلاغه، بخش یازدهم به معنای قلب در لغت و قرآن، حالات قلب در قرآن، حالات قلب در نهج البلاغه و گناه و قساوت قلب اختصاص دارد و در بخش دوازدهم به وساوس شیطان و نابینایی دل، کوردلان از نظر قرآن، عوامل مرگ قلب و قلب سلیم پرداخته شده است. نویسنده بخش سیزدهم این اثر را به قلب گرفتار زنگار، بخش چهاردهم را به گریه از دیدگاه قرآن و گریه از دیدگاه روایات، بخش پانزدهم را به چشم دنباله روی هوی، بخش شانزدهم را به امدادهای غیبی، انواع امدادهای غیبی و بخش هفدهم را به موضوع اراده خداوند اختصاص داده است.