حضرت امام سالها در قم کتاب گرانقدر «اسفار اربعه»، تألیف فیلسوف شهیر صدرالمتألهین را تدریس کرده و بر مباحثی از آن، حاشیه نوشته اند که متأسفانه نسخۀ آن هنوز به دست نیامده است. این کتاب منتخبی از آرای فلسفی حضرت امام از تقریرات دروس فلسفه ایشان است که توسط مرحوم آیت الله سید عبدالغنی اردبیلی نوشته شده و در اختیار مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام خمینی (س) قرار گرفت و در تاریخ 1381 در سه جلد به چاپ رسیده است. شیفتگان تحجر گرچه فراوان کوشیده اند تا دست اندیشه را از دامان دیانت دور داشته و دین را رازی سر به مهر و دست نایافتنی بیانگارند، لیکن همت اندیشمندان بزرگ همواره نوید دهنده اجین بودن عقل و دین بوده است. آثار بجای مانده حکمت متعالیه، نمونه ای از آزاد اندیشی و عقل مداری حکمای شیعی را به رخ میکشاند.