علم کلی یا فلسفه مابعدالطبیعه نخستین تألیف استاد است که نخستین بار در اردیبهشت ماه سال ۱۳۳۵ در قم و سپس از سوی دانشگاه تهران و پس از آن از طرف انجمن حکمت و فلسفه و آخرین بار در سال ۱۳۷۲ از سوی نشر فاخته منتشر گردیده است . این اثر در بردارنده بحثهای استاد در مقولات فلسفی مهم فلسفه کلاسیک اسلامی ؛ نظیر اصالت وجود، وجود ذهنی ، اتحاد عاقل و معقول ، بحث امکان و حدوث و قدم ، وحدت و کثرت و... است . علم کلی با مقدمه ای در باب «فایده فلسفه » آغاز می شود و اینکه «انسان چه نیاز ذاتی و طبیعی به فلسفه دارد تا در راه به دست آوردن آن بذل جهد و صرف وقت نماید». در جواب این پرسش و سؤالات دیگر، استاد می کوشد تا همچون «بعضی متفلسفین معاصر سخنان دراز که احتمال گزاف گویی در برداشته باشد» به میان نیاورد. بلکه در سخنی کوتاه می فرماید: «اگر به راستی فلسفه ، از حقیقت در هر مرتبه و به هر صورتی که هست بحث می کند و ماهیت آن درک حقیقت است پس دیگر راهی برای انکار آن متصور نیست ؛ زیرا انکار فلسفه ، محصولی از انکار درک و حقیقت خواهد بود در حالی که ، نه حقیقت قابل انکار است و نه درک ، و نه تعقل را که هسته مرکزی بشریت و فصل ممیز او از سایر حیوانات است می توان تعطیل نمود.»«علم کلی » اثری جامع به زبان فارسی استوار است که در مجموع بهترین کتاب در موضوعات مختلف فلسفه کلاسیک اسلامی است که در زمان ما نگاشته شده است و به نظر می رسد مدخلی بسیار قابل اعتماد برای پژوهندگان فلسفه کلاسیک اسلامی و فهم موضوعات و سرفصلهای اساسی آن باشد. این اثر در بسیاری از مراکز و دانشکده های فلسفه ، یکی از کتب و منابع درس فلسفه اسلامی می باشد.