فصل نخست، با عنوان «درآمدی بر بحث علم و دین» بررسی تاریخی چگونگی ارتباط دین و علم در دوره های مختلف و حساس تاریخی را به عهده دارد.
در فصل دوم، که به لحاظ موضوع کتاب مهم ترین بخش را تشکیل می دهد، درصدد تبیین دیدگاه ننسی مورفی درباره ارتباط علم و الهیات برآمده است.
و در نهایت در فصل سوم، به نقد و بررسی دیدگاه مورفی پرداخته شده است.اشکالات مورد نظر نویسنده در سه دسته کلی گنجانده شده است:
1.اشکالات مربوط به روش شناسی مورد نظر مورفی 2.اشکالات مربوط به محتوای دیدگاه مورفی 3.اشکالات مربوط به بیان دیدگاه های دیگر.
لازم به ذکر است مورفی از میان آثار مختلف خود، عمدتا در سه کتاب دیدگاه خود را درباره ارتباط علم و دین بیان کرده:
1.آشتی علم و دین 2. الهیات در عصر استدلال علمی 3.در باب سرنوشت اخلاقی جهان
در کتاب حاضر، برای آنکه دیدگاه مورفی درباره این موضوع به صورت کامل بدست آید، با راهنمایی استاد دکتر لگنهاوزن، نخست بخش های مربوط به علم و دین از سه کتاب مذکور ترجمه و تلخیص شده ، سپس نقدهای اندیشمندان معاصر بر نظرات مورفی آورده شده، البته جهت جامع تر شدن تحقیق به تدوینی که مورفی در مورد روش شناسی علمی لاکاتوش ارائه کرده، بسنده نشده و به طور مستقیم به آثار خود لاکاتوش مراجعه شده است.