کتاب این موضوع را دنبال میکند که در مواجهه با دنیای مدرن باید توجه داشته باشیم که علم به معنای نوین آن با مفهوم علم آنگونه که ما در ایران، و بقیه کشورهای اسلامی استنباط می کنیم تفاوت های اساسی دارد. مفهوم علم برای ما با تاریخ تحولات تاریخی، به ویژه تحول مفهوم مدرسه بعد از تأسیس نظامیه ها، به گونه ای عجین شده است که تفکیک آن از مفهوم علوم دینی و روش های آن به سختی امکان پذیر است. این خلط مفهومی، یا عدم درک مفهوم نوین علم، و نیز شرایط تاریخی کشورهای اسلامی، موجب بروز حرکت هایی به دفاع از مفهوم جدیدی از علم دینی شده است. با تفکیک دو مفهوم علم دینی انحصاری و علم دینی تخصیصی می توان مرز این مفهوم بندی جدید را روشن کرد. مفهوم علم دینی تخصیصی مغایرتی با مفهوم علم نوین ندارد، اما مفهوم علم دینی انحصاری نقیض مفهوم علم نوین است و باید به این تناقض توجه کرد.
نویسنده می گوید ساختمان یا ساختار علمی ایران نه تنها رفعتی ندارد که، تلی بی شکل است. هنوز فاصله ما از ساختمانی رفیع برای علم ایران آن چنان زیاد است که وحشت و گاهی افسردگی می آفریند. گام های کنونی ما، به خصوص آگاهی از گام ها و نیز آگاهی برای برداشتن گام هایی دیگر بسیار تعیین کننده است. راست کردن خشت کج ساده نخواهد بود، پس خوب است هر چه بیشتر به گام های کنونی خودمان در جهت توسعه علمی توجه کنیم.