کتاب روش شناسی علم کلام دارای پنج فصل روش شناسی استنباط، روش شناسی عقلی، روش شناسی دفاع، روش شناسی اثبات و روش شناسی عقاید است.
مباحث این کتاب پس از بخش مقدماتی در دو بخش روش شناسی استنباط و روش شناسی دفاع سامان پیدا کرده که فصل نخست آن دارای موضوعاتی همچون روش شناسی نقلی و روش شناسی عقلی و روحی، اثبات رد شبهات و رد مکاتب معارض است.
علم کلام و ویژگی های اصلی آن، معرفت اعتقادی و درجات آن، طبقه بندی متون اعتقادی، قول متأخران، روش اثبات، مفهوم شبهه، روش های پاسخ به شبهه، مفهوم و جایگاه رد و عقاید معارض و روش های رد و طرح احتمال از دیگر عناوین مباحث این کتاب است.
به اعتقاد نویسنده علم کلام تا حدی جایگاه خود را به دست آورده و توجه دانشمندان را به خود معطوف کرده است.