بخش اول این کتاب با عنوان حکومت دینی؛ ساختار و مبانی (پیدایی) سه فصل با عناوین «تأملی بر مسئله حکومت دینی (سوابق، طرفیت ها)»، «مشروعیت حکومت دینی» و «جمهوریت و اسلامیت» دارد که طی آن عناوینی مانند رویکردهای دوگانه در مخالفت با دموکراسی دینی، مبانی مردم سالاری اسلامی، مختصات و مؤلفه های جمهوری اسلامی، اهداف حکومت دینی، نسبت آزادی و حکومت دینی و... به چشم می خورد.
بخش دوم کتاب هم با عنوان «حکومتی دینی؛ مواضع، مسائل، ادله (پایایی)» دارای دو فصل با عناوین «شناخت بن مایه های حکمی حکومت در اندیشه امام» و "چرا ولایت «فقیه»" است که در آنها فلسفه سیاسی در حکمت اسلامی، شناخت بن مایه های حکمی حکومت اسلامی، ادله عقلی و نقلی ولایت فقیه، ویژگی های رهبر در حکومت دینی و... بررسی شده است.
بخش سوم و پایانی نقطه و پرگار هم «حکومت دینی؛ موانع، چالش ها، راهکارها (پویایی)» است که در فصل اول آن «رابطه نهاد روحانیت و قدرت، در فصل دوم«آرای طرفداران حاکمیت دینی» و در فصل سوم «مبانی اصلاح و احیای ساختار نهادهای دینی در منظر امام» بررسی شده است.
در پایان این کتاب نیز نتیجه گیری، ضمائم و فهرست منابع و مآخذ دیده می شود. یکی از نتیجه گیری های نویسنده از موضوع ولایت فقیه در پایان کتاب این است که «... چنانچه «ولایت فقیه» منهای قرائت حکمی و عرفانی آن مورد توجه قرار گیرد و صرفاً به ابعاد فقهی این نظریه توجه شود نه تنها نوآوری و ابداعی در آن نیست بلکه از آن حیث که فقه -در هر دینی- ذاتاً ناظر به ساحت انحصاری ادیان و من جمله اسلام است لهذا دستخوش نوعی رکود، انحصارگرایی و یکنواختی می گردد و چنانچه از آموزه های ناظر بر پویایی و ابداع تهی گردد یقیناً تکاپوی نیازهای امروز بشر را خصوصاً در امر سیاست، حکومت و مسائل اجتماعی نخواهد نمود».