این کتاب از چهار بخش تشکیل شده است که عبارتند از:
بخش اول چیستی حوزه علمیه نام دارد که از مباحثی چون تعریف و ماهیت حوزه علمیه، رسالت و کارکرد حوزه علمیه، تعاملات و ارتباطات حوزه علمیه بحث کرده است. از مباحث قابل اعتنای این بخش، بررسی نقش حوزه عملیه در تمدن سازی اسلامی و نقش فرهنگی و سیاسی و اجتماعی است.
بخش دوم به «گذشته حوزه علمیه» پرداخته و حاوی مباحثی است چون: سیر تحولات تاریخی حوزه های علمیه، سیر تحولات جغرافیایی حوزه ها و ویژگی های حوزه در طول تاریخ. از مباحث قابل توجه این بخش، تبیینی است که مولف از سیر تحول علمی حوزه های شیعی به ویژه پس از انقلاب اسلامی ایران، ارائه کرده است.
بخش سوم بر «وضعیت کنونی حوزه علمیه» تمرکز نموده و حاوی مباحثی است مانند: آسیب شناسی حوزه علمیه از منظر نظام مدیریتی، نظام آموزشی، نظام پژوهشی، فرصت های پیش روی حوزه علمیه در عرصه داخلی و بین المللی.
چهارمین بخش، به موضوع «تحول در حوزه علمیه» پرداخته و مولف تلاش کرده «طرح تحول حوزه علمیه» را از منظر خود تبیین نماید و اصول، مبانی، خطوط کلی و برنامه های آن را تشریح نماید.