«باغ مخفی» ماجرای دختری خودخواه و بد اخلاق به نام «مری» است که افراد خانواده خود را از دست می دهد و شوهر عمّه اش، آقای «کریون»، سرپرستی او را به عهده می گیرد. خانه آقای کریون، که در حومه شهر قرار دارد، دارای چند باغ است. یکی از آن باغ ها، باغی مخفی و اسرارآمیز است و سال ها کسی به آن وارد نشده است. روزی مری به طور اتفاقی کلید در این باغ را پیدا می کند. پیدا کردن کلید و آشنایی او با «مارتا»، خدمتکار شاد خانه، و «دیکون»، برادر خوش قلب مارتا، مجموعه حوادث بسیار زیبا و لطیفی را به وجود می آورد.