1. مقدمات نماز 2. در مقارنات نماز 3. در منافیات نماز سه فصل کتاب این کتاب است در این رساله، بخشی از اسرار و نکته های پنهانی نماز را با امور عمده و شایسته که بیشتر آنها در خبرهای صحیح از اهل بیت عصمت و طهارت(علیهم السلام) تصریح به آنها شده بیان می شود.
یکی از ویژگی های کتاب اسرار الصلاة شهید ثانی، داشتن روایات و احادیث قدسی منحصر به فردی است که در دیگر کتاب های پیشینیان موجود نیست، لذا بسیاری از کتب شهید ثانی جزء مصادر کتاب بحارالانوار علامه مجلسی (1110 قمری) قرار گرفته است، ایشان در مقدمه بحارالانوار می نویسد : "و کتاب مسالک الافهام و... و کتاب منیةالمرید، و کتاب أسرارالصلاة و ... و سائرالرسائل المتفرقة الشهیدالثانی رفع الله درجته."