این کتاب به ساخت و ارائۀ مدل فرضیه سازی و نظریه پردازی درباره روش شناسی قرآن کریم می پردازد. ابتدا در خصوص روش شناسی قرآن کریم، اهتمام قرآن به پاسخ به شبهات، نظریه داوری و اصل تعامل صحبت شده است. سپس شبهه مفهوم یابی شده و ابزارهای بیان شبهه و پاسخ بدان بررسی شده است. شخصیت شناسی شبهه گران، شناخت عوامل درونی و بیرونی شکل گیری شبهه، چگونگی تعامل با شبهه گران، گستره تعامل با شبهه گران و ... در ادامه به بحث گذاشته شده است. در نهایت ساخت مدل تحلیل داده های قرآنی، فرضیه سازی و نظریه پردازی مطرح شده است.