پس از رحلت امام خمینی (ره)، جامعه ی اسلامی دانشجویان اعلام موجودیت نمود و در شرایطی که جوِ سنگینِ ناشی از یکه تازی دفتر تحکیم وحدت اجازه ی ابراز وجود به هیچ تشکّل و جریانی را در دانشگاه ها نمی داد، با شعار حمایت از خط رهبری شروع به فعالیت کرد.
این تشکّل علی رغم برخوردهای تند و حذفی دفتر تحکیم وحدت دانشجویان و مدیریت حاکم در وزارت علوم و دانشگاه ها موفق به شکستن جو تک صدایی و انحصار در دانشگاه ها شد. با راه اندازی جامعه ی اسلامی دانشجویان و گذر از سال های سخت اواخر دهه ی شصت و اوایل دهه ی هفتاد، به تدریج سایر تشکّل ها و اتحادیه ها نیز توانستند اعلام موجودیت کرده و فعالیت نمایند.
اگر دفتر تحکیم وحدت دانشجویان را اولین تشکّل دانشجویی پس از پیروزی انقلاب اسلامی بدانیم، جامعه ی اسلامی دانشجویان دومین تشکّل است که در محیط دانشگاه اعلام حضور کرده و به فعالیت خود ادامه داده و پابه پای تاریخ انقلاب اسلامی پیش آمده است.