مخزن الاسرار منظومه ای است حکمی-اخلاقی و تا حدودی عرفانی که قابل تقسیم بر سه بخش مشخص است: بخش نخست که بیشتر حاوی مقدمات سنتی از قبیل توحید و مناجات، نعوت پیمبر اکرم، مدح ممدوح، بیان اهمیت و مقام این دفتر و امثال اینهاست؛ دوم بخشی که می توان آن را عرفانی خواند، شامل توصیف دل و عوالم آن و بیان چگونگی خلوت و پرورش دل؛ سوم بیست مقاله که بیشتر موضوعات آنها را امور اخلاقی و دینی تشکیل می دهد؛ مقالاتی کاملا مستقل از یکدیگر که خط فکری ویژه ای را دنبال نمی کند و هر مقاله مذیل به حکایتی در اثبات مطلب است.