تفسیر صدرالمتألهین بر کلام باری تعالی را می توان نفیس ترین اثر بر جای مانده این فیلسوف متأله دانست. جلد پنجم از این مجموعه هشت جلدی به تفسیر «آیة الکرسی»(بقره:257- 255) و «آیة النور»(نور:35) اختصاص دارد.
صدرا در تفسیر آیة الکرسی به کسانیکه قرآن را منحصر در تأویل می دانند و بمعنای لفظی توجهی ندارند، گوشزد می کند که: «تو خود واقفی که خروج الفاظ قرآنی از معانی معمول و مشهورش موجب حیرت ناظرین در آن می شود، در حالیکه قرآن برای هدایت بندگان نازل شده که آنان را آموزش داده و کار را برایشان آسان نماید نه برای پیچیده کردن سخن. پس لازم است که لغات بر معانی وصفی خود که مشهور بین مردم است، حمل و تفسیر شود تا موجب اشتباه آن نشود».
این مفسر کبیر در تفسیر آیة الکرسی یک مقدمه، بیست مقاله و یک خاتمه آورده است. وی در مقدمه در فضل و برتری این آیه بر دیگر آیات بحث مفصلی دارد. همچنین ایشان ذیل فقره «من ذالذی یشفع عنده إلّا باذنه» از شفاعت و مراتب آن و تعیین شافعان و معنی اذن و اینکه مشفوع له کیست سخن به میان آورده و بیان نموده که نخستین شافع، حقیقت محمّدیه است.
صدرالمتألهین در تفسیر آیة نور، به مباحثی مانند معنی نور، اینکه نور کمال برای موجود است، معنی اضافه نور بر آسمانها و زمین و اینکه علم حق تعالی عین ذات او و سبب پدید آمدن اشیاء است و اشیاء بدو قائم اند، پرداخته است. وی طی تفسیر آیه توضیح می دهد که هر کس نسبتش با پیغمبر (ص) درست باشد، نور الهی از آن حضرت بر او می تابد و این همان معنی شفاعت است.
در پایان کتاب، مجموعه کاملی از فهرست ها (احادیث، اشعار عربی و فارسی، نام اشخاص، مکانها و اصطلاحات) برای سهولت در امر تحقیق آمده است.