یکی از ارزشمند ترین آثار صدرالمتألهین، کتاب «اسرار الآیات و انوار البینات» است از یک طرف کتابی قرآنی و از طرف دیگر کتابی حکمی و عرفانی است.
این کتاب در یک مقدمه و سه طرف که مشتمل بر مشاهد متعدد است، نگارش یافته است. در طرف اول علم ربوبی، طرف دوم افعال خداوند و طرف سوم علم معاد مورد بحث قرار گرفته است.
صدرا در مقدمه کتابش از چندین قاعده سخن به میان آورده که در قاعده آخر آن از مقاصد کتاب الهی سخن گفته است؛ از جمله این مقاصد بیان کیفیت سفر الی الله برای درک لقاء او و همجواری با مقربان به درگاه اوست.
وجه تسمیه کتاب اسرار الآیات آن است که قرآن کتابی نیست که با قواعد لغت و زبان عربی بتوان به عمق آن رسید بلکه دارای اسراری است که در لابه لای آیات آن نهفته است و محرم اسراری لازم است تا چراغ راه شود.
از ویژگی های این کتاب، بیان حقایق جهانی فلسفی است که در فلسفه غیر قرآنی نمی گنجد و فقط مکتب حکمت متعالیه است که می تواند تا این حد دقیق و باریک شود و از عمق قرآن، حقایق و اسرار آن را استخراج نماید.