در فاز اول و دوم نظام واره مسائل حوزه در پی پاسخ به امور زیر می باشد: 1. مسائل حوزه و روحانیت از منظر حکومت، جامعه و اصالت های حوزوی چیست و کلیدی ترین آنها کدام است. 2. مسائل حوزه و روحانیت از منظر کارشناسان حوزوی چیست؟ 3. مسائل حوزه و روحانیت از منظر کارشناسان غیر حوزوی مثل جامعه شناسان کدام است؟ 4. مسائل حوزه و روحانیت از منظر وظایف و کارکردهای حکومتی چیست؟ 5. مسائل حوزه و روحانیت از منظر نگاه و مطالبات جامعه چه چیزهایی است؟ 6. مسائل حوزه و روحانیت از منظر خانواده از منظر خانواده طلاب و کارمندان نهادهای دینی کدام اند؟ 7. ارتباط مسائل حوزه و روحانیت با یکدیگر چگونه است؟ 8. مهم ترین و اثرگذارترین مسائل حوزه و روحانیت چیست؟
در این نوشتار به فاز اول این مجموعه یعنی شناسایی و تبیین مسائل حوزه و روحانیت پرداخته خواهد شد.