"خداحافظ آقای رئیس" حکایت زندگی حجت الاسلام و المسلمین، علی علیدوست است. روزهای شیرین کودکی این روحانی آزاده در مصیبت از دست دادن مادر، برادر و خواهرش در زلزلهٔ بوئین زهرا از دست رفت. علی علیدوست که در بین هم بندانش به «قزوینی» معروف است با انتخاب راه طلبگی علاوه بر تحصیل علم، قدم در راه مبارزه با نظام شاهنشاهی گذاشت. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی و شروع جنگ عراق علیه ایران، این روحانی مبارز مانند دیگر جوانان این مرز و بوم به جبهه های جنگ پیوست و در شرایط نابرابری به اسارت نیروهای بعثی درآمد و سال ها با مقاومت و ایستادگی در غربت زندگی کرد.
این آزادهٔ هوشیار در تمام مدت اسارتش در جهت فعالیت های فرهنگی گام برداشت و در این راه حبس انفرادی و انواع شکنجه ها را تحمل کرد، اما هرگز دست از مقاومت و مبارزه برنداشت.
"خداحافظ آقای رئیس" روایتی است از لحظه های سرد و سنگینی که این آزاده، پشت میله های اسارت گذارنده است.