فیل محمد (ص) از محاصره مسلمانان در شعب ابی طالب آغاز می شود و به پیش از تولد پیامبر اسلام باز می گردد. در این فیلم مخاطب شاهد وقایعی است که پیش از تولد پیامبر اسلام تا 12 سالگی ایشان را در بر می گیرد.
صحنه های وفات مادر رسول اکرم در روستای ابوا و صحنه های مربوط به دوران شیرخوارگی و خردسالی پیامبر در روستای سعدیه هم از دیگر بخش های فیلم است. فیلم محمد (ص) با اولین سفر پیامبر به شام و رسیدن به صومعه بحیرا به پایان می رسد. «بحیرا» راهبی مسیحی است که درباره ظهور آخرین پیامبر به ابوطالب بشارت می دهد.